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员工已申请劳动仲裁，公司能在仲裁结果出来前注销公司吗？（公司是自然独立法人）

不会被批准。

在劳动仲裁递交申请后等待判决却公司注销了怎么办

劳动仲裁提交申请后，公司等待判决，但公司取消。可能需要仲裁庭发布仲裁结果，然后将变更的目的带到法院，要求有关组织或个人收回劳动报酬。

劳动纠纷的主体，即包括劳动者和雇主在内的劳动纠纷的当事方，是劳动法律关系中的权利所有者和义务承担者。企业在劳资纠纷中进入清算阶段的，劳动者应当以清算组为争议主体。根据最高人民法院关于处理企业破产案件若干问题的规定第五十条（八），清算组可以“代表破产企业参加诉讼和仲裁活动”。清算组，即清算机构，是在业务终止后执行清算事务并代表企业行使职权的权力机构。它负责企业清算期间的所有事务。也就是说，如果用人单位在发生劳资纠纷时进入破产清算，劳动者在选择对方时应直接将清算组列为被诉人。

员工已申请劳动仲裁，公司如果想在此期间注销公司,工商部门会阻止吗?劳动仲裁办公室和工商有联系吗?

取消工商部门时，有必要证明县级以上劳动部门的人员安置和社会保障情况。