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打官司期间公司注销

没什么，您可以要求股东承担责任。根据中国的法律法规，企业向工商部门提出注销申请时，除了一定的程序要求外，还需要实质性的决议，例如公司股东大会的决议。重要的内容之一是为企业准备清算报告。处理资产，债务，债务等。如果没有清算报告或者清算报告有误，将无法办理企业的工商注销手续，已经办理的手续没有法律效力。债权人有权要求工商行政管理机关撤销注销企业登记的行为。即使工商企业的注销登记不适合注销（企业法人资格不存在），企业投资者（即股东）的民事责任也不能免除，债权人可以要求企业投资者在投资范围内承担民事责任。维护自己的合法权益。

法院有经济纠纷企业有没有办法注销.该如果办啊？

企业注册必须得到所有股东的批准，并决定同时进行。

我起诉公司了,但是公司注销了 对我有影响吗

这取决于您是首先起诉还是公司被撤销。