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企业承包合同甲方单方面解除合同？

有效，乙方尚未按照合同约定向甲方支付利润。

合同履行过程中乙方公司注销，但公司主体依然存在，合同是否还有法律效用？

您在此类合同上的签名称为代理签名，法律后果由所代表的单位承担。

公司注销了签的合同还有效吗？

虽然公司取消了，但是您父亲继续履行合同，对方接受，可以视为合同关系。